A EdUFMT é gerida pelo Conselho Editorial, como órgão legislativo, e por uma equipe operacional técnica, responsável pelo cumprimento da sua missão. Além disso, ela possui em sua composição orgânica a livraria, por meio da qual são comercializadas as obras por ela editadas ou consignadas de outras editoras parceiras.

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As obras, nas mais diversas áreas do conhecimento, são comercializadas a preço de custo, pois o objetivo central é tornar acessível o conhecimento e, ao mesmo tempo, aproximar a Universidade, enquanto promotora do desenvolvimento humano, da Comunidade, cumprindo, assim, o seu papel social.